A défaut de pouvoir obtenir un congé auquel il aurait normalement droit en temps de paix, il demande, dans une lettre datée du 16 décembre 1916, qu'on lui octroie une somme d'argent en compensation. Puis, fatigué par ces longs mois de navigation sans congé ainsi que très éprouvé par les horreurs de la guerre, soit qu'il les ait lui-même vécues, soit qu'il pense à son fils Edme jean engagé dans la bataille de la Somme, il demande à être remplacé sur le "Sphinx". Dans une lettre du 2 juin 1917, il avertit sa direction qu'il doit être hospitalisé à Toulon pour cause de fatigue générale et il propose son second, M. de Catalano, comme successeur à son poste, mais c'est M. Cousin, commandant de 1ére classe qui est désigné le 21 juin.

Le "Sphinx" est un bâtiment très récent. En fait, il a été mis en service au début de la guerre et immédiatement réquisitionné pour être transformé en navire hôpital. Or, le commandant Cousin aurait normalement dû prendre ce commandement s'il n'y avait pas eu la guerre. La direction des Messageries Maritimes n'a donc pas voulu donner le commandement d'une unité aussi importante à un simple second capitaine. Cousin est alors commandant de l'"Océanien", en station à Marseille depuis le 9 juin. Dès lors, il est tout désigné pour prendre rapidement le commandement du "Sphinx". De Catalano ne sera toutefois pas oublié étant donné l'éloge qu'en fit Edmond dans le carnet de bord.

Le 11 juin, Edmond est licencié par dépêche ministérielle. De ce fait, il est de nouveau sous la responsabilité de la compagnie des Messageries Maritimes. Mais toujours sous le coup d'une fatigue générale pour laquelle il était entré à l'hôpital militaire de Toulon le 3 juin, il demande un congé de 3 mois qu'il compte passer dans sa famille.

Mais la direction de l'exploitation de la compagnie à Marseille, dans une note du 14 juin, se demande quelles sont les vraies raisons du licenciement d'Edmond alors que quelques jours plutôt, le conseil de santé de Toulon l'avait admis pour un repos de 3 mois à l'hôpital militaire. Elle diligente alors une enquête auprès du ministère de la guerre à ce sujet, supputant que tout ça n'est qu'une nouvelle crise de neurasthénie provoquée par les événements mais surtout par son profond désaccord avec le médecin-chef de l'hôpital embarqué sur le "Sphinx". Dans cette même note, elle revient sur la demande de solde demandé par Edmond le 16 décembre dernier, en compensation des congés qu'il n'a pas pu prendre. A ses yeux, le "Sphinx" étant mobilisé ainsi que son équipage, nul ne pouvait donc prétendre à une disposition du code de commerce.