L'année 1903 n'est décidément pas une bonne année, puisqu'elle est marquée par le décès de Mathias de Brugière, beau-père d'Edmond. C'est vraisemblablement à cause de cela qu'Edmond demande la prolongation de son congé par une lettre datée du 4 décembre. Mathias a toujours été d'un grand soutien pour la famille d'Edmond et sa disparition va lui causer de gros soucis.

Du 29 janvier au 6 avril 1904, Edmond est affecté sur le "Congo".

Le 22 juillet 1904, Edmond sollicite un congé pour affaires de famille. Mais cette fois, sa direction ne le lui accorde pas au prétexte qu'il a déjà joui de nombreux congés. De plus, Edmond est depuis le 19 juillet en poste sur l'"Amazone" en remplacement d'un autre officier en congé. Il faudrait alors remplacer le remplaçant. Alors Edmond demande à être mis en disponibilité hors-cadres pour une durée de 6 mois à partir du 5 octobre. Et le 4 avril 1905, il demande une prolongation de 8 mois de cette mise en disponibilité.

Entre temps, Maurice, 3ème fils d'Edmond et Claire naît le 7 février 1905.

Le 8 novembre 1905, Edmond demande sa réintégration dans les cadres de la compagnie. Le 15 novembre, la direction lui répond favorablement car malgré tous ces congés, Edmond est bien noté. Au moment de sa réintégration, il n'est plus qu'au 21e rang dans le tableau d'avancement de la compagnie; il était au 9e rang avant sa mise en disponibilité.

C'est alors qu'intervient le docteur Jeannel, un ami très proche de la famille Bruyar, eux-mêmes amis intime de Claire de Brugière. Jeannel écrit le 12 février 1907 à un des ses amis, commandant aux Messageries Maritimes, pour qu'il favorise la candidature d'Edmond à un poste de second capitaine. Mais cette intermission ne s'arrête pas là; elle est relayée par tout un réseau d'hommes influents : l'amiral de la Jaille, le 15 mars, puis en avril le député de la Gironde Chaumet.

A ce moment, Edmond est second sur le "Chili", sur la ligne de Buenos-Aires depuis 1 an; il est remonté au 17e rang dans le tableau d'avancement grâce à cette période d'activité relativement longue.