Le 14 mars 1900, Edmond est en poste sur la "Cordillère". Il demande à nouveau un congé de deux mois pour affaire de famille. Mais cette fois, le ton est beaucoup plus dramatique : dans la lettre que l'agent général écrit à la direction pour transmette la demande, il évoque une situation "pénible" de sa famille. De plus, cette demande tombe mal car l'état-major du navire n'est pas au complet et le commandant Richard doit le compléter absolument. Finalement, il trouvera 2 officiers en poste sur d'autres navires et Edmond pourra prendre ce congé tellement nécessaire à partir du 18 mars.

Le 17 septembre de la même année, Edmond sollicite un congé de 2 mois sans solde à compter du 24 septembre pour affaire de famille. L'agent général ne jugera même pas utile de le remplacer sur "La Plata". Edmond passera ce congé à Renaudie.

Le 16 octobre 1902, Edmond demande un congé de 2 mois pour affaires personnelles à compter du 17 octobre. Son remplacement à bord du "Brésil" ne semble pas poser de problème. Le 15 décembre, Edmond sollicite une prolongation de ce congé d'un mois.

Toutes ces demandes de congé peuvent presque apparaître abusives, mais la vie d'un capitaine au long cours n'est pas de tout repos : Edmond partait pour de longues traversées sans voir sa famille. Entre deux affectations, il bénéficiait certes de permissions, mais sa femme et ses enfants devaient lui manquer cruellement. Par ailleurs, ces congés étaient à solde réduite : le premier mois à demi-solde du dépôt; au delà, c'est sans solde. Sa direction n'a semble-t-il jamais rechigné à les lui accorder et Edmond était bien noté.

Le 22 juillet 1903, M Morin, commissaire en chef de 1ère classe de la Marine écrit une lettre de recommandation pour une nomination au grade de second capitaine.

Or, le même jour, Edmond ne peut reprendre son service car il souffre d'une sciatique d'origine rhumatismale à la jambe droite qui lui interdit de se déplacer. Il est soigné par le docteur Record de Vélines qui recommande à son patient une cure à Dax. Edmond doit donc demander un congé de 2 mois pour raison de santé à compter du 1er août. Mais le 5 octobre, le docteur Record signe un certificat médical demandant le prolongement de ce congé sans lequel la reprise des voyages conduirait à une rechute.