Mais ce point de vue n'est pas partagé par la direction centrale à Paris qui estime que Edmond n'était mobilisé que de par sa présence sur le "Sphinx" et qu'une fois débarqué, il n'y avait plus aucune raison qu'il le fût encore.

Edmond ne pouvant pas prétendre à la solde de dépôt, puisqu'indisponible pour un embarquement, la direction de Marseille propose alors qu'il soit soumis à un contrôle médical tous les quinze jours et si le congé devait dépasser 4 mois, il serait alors mis en disponibilité hors cadres. Cette proposition est acceptée par le direction centrale le 6 juillet 1917; Edmond en est informé dès le 9 juillet. Le 31 juillet, Edmond décline une proposition de prendre le commandement du "Sydney" sur la ligne de Madagascar tout en espérant pouvoir reprendre le service à la fin d'octobre.

Arrivé au terme des 4 mois d'indisponibilité, Edmond se juge hors d'état de reprendre son service et demande un congé sans solde. Sa demande doit être confirmée par le conseil d'administration car son cas ne relève plus du code du commerce. Ce congé lui est accordé le 16 octobre à compter du 3. De plus, en cas de reprise d'activité, Edmond serait rétrogradé au rang de commandant de 2eme classe. Le 29 novembre, Edmond demande une prolongation de son congé, puis une autre encore en février.

Bien qu'en congé sans solde, Edmond bénéficiera toutefois d'une décision bienveillante qui lui accorde une indemnité de vie chère de 125 francs par mois prenant effet rétroactivement le 3 octobre.

Finalement, le 1er avril 1918, pensant ne plus pouvoir reprendre son service, de l'avis même des médecins, il présente sa démission qui est acceptée par la direction centrale.

Ainsi se termine la carrière d'Edme Jean Alfred Goubault dit Edmond, capitaine au long cours.